Τα ερείπια της αρχαίας Ανώπολης, εντοπίζονται επάνω στο λόφο της Αγ. Αικατερίνης, στα δυτικά και νοτιοδυτικά του σημερινού ομώνυμου χωριού. Από τη θέση της, εξασφάλιζε πλήρη εποπτεία μεγάλης έκτασης της ξηράς, αλλά και του Λιβυκού πελάγους. Το λιμάνι της, εξασφάλιζε τη θαλάσσια επικοινωνία μεταξύ ανατολής και δύσης, σαν ενδιάμεσος σταθμός. Η Ανώπολη ήταν ανεξάρτητη πόλη και είχε δικό της νόμισμα. Πηγές  αναφέρουν, ότι τον 3ο αι. π.Χ. καταλήφθηκε από τη γειτονική Αραδήν και απελευθερώθηκε από το Χαρμάδα, πολίτη της Ανωπόλεως. Σε αυτή τη περίοδο χρονολογείται ίσως και η πρώτη φάση των τειχών της. Το 230 - 210 π.Χ. αναφέρεται σε κατάλογο πόλεων που έστειλαν θεωρούς στους Δελφούς.

Η Ανώπολις μαζί με την Αράδαινα και την Ποικίλασσο, συγκαταλέγονται στις πόλεις που υπέγραψαν  τη συνθήκη συμμαχίας των 30 Κρητικών πόλεων, με τον Ευμένη Β' της Περγάμου το 183 π.Χ. Στον οικισμό Ρίζα σώζονται πελασγικά τείχη που ο Pashley τα παρατήρησε σε μήκος 300 βημάτων, πάχους 6 βημάτων και ύψους  5-11 ποδιών. Η Ανώπολη ήταν ονομαστή στους ελληνιστικούς χρόνους και άκμασε κυρίως στη ρωμαϊκή και βυζαντινή περίοδο. Η υδρευσή της γινόταν από δεξαμενές των οποίων σώζονται υπολείμματα. Ο αρχαιολογικός χώρος καλύπτει μία αρκετά μεγάλη έκταση, που περιβάλλεται από ισχυρά τείχη και περιλαμβάνει θεμέλια πολλών οικιών, μία μεγάλη στέρνα και ίσως τα θεμέλια ενός μεγάλου ναού.  Αρκετοί τοίχοι σώζονται σε ύψος 1 - 3 μ., οι περισσότεροι κτισμένοι από αδούλευτες πέτρες ενώ μερικοί από γωνιόλιθους. Τα ορατά αρχιτεκτονικά λείψανα φτάνουν στα νότια μέχρι το εκκλησάκι της Αγ. Αικατερίνης, όπου σώζεται και τμήμα του τούρκικου κουλέ.

Στην ευρύτερη περιοχή έχουν εντοπιστεί δύο τρόποι κατοίκησης, κατά γειτονιές και κατά μεμονωμένες αγροικίες. Επίσης έχουν αποκαλυφθεί με σωστικές ανασκαφές, κιβωτιόσχημοι τάφοι της εποχής της ρωμαιοκρατίας (το νεκροταφείο της αρχαίας πόλης τοποθετείται μεταξύ των οικισμών Λιμνιά και Παυλιανά). Το 1988 σε επιφανειακή έρευνα, σε υψόμετρο 600 και 800 μ., ανακαλύφθηκαν λίγες θέσεις της Υστερονεολιθικής/ Πρωτομινωικής περιόδου.

Τα ερείπια της Αρχαίας Αραδήν,  σώζονται στη θέση 'Πασσόπετρα', κοντά στο σημερινό χωριό Αράδαινα, που διασώζει το όνομα. Ήταν αυτόνομη πόλη αφού αναφέρεται ανάμεσα στις 30 κρητικές πόλεις, που υπέγραψαν τη συνθήκη συμμαχίας με τον Ευμένη Β΄της Περγάμου το 183 π.Χ. Σ Αραδήν είχε το ίδιο πολίτευμα με την Αρχαία Σπάρτη, δημιουργώντας σύγχυση σχετικά με το πια το δανείστηκε. Οι 'Αγέλες', δηλαδή οι ομάδες των νέων του αρχαίου πολιτεύματος, τα ψηφίσματα του κράτους, τους νόμους, τις ενάρετες πράξεις και τα ανδραγαθήματα επιφανών ανδρών τα μάθαιναν τραγουδώντας, προκειμένου να τα αποστηθίζουν. Συνέχεια των αρχαίων αυτών ασμάτων, είναι αναμφίβολα τα μεταγενέστερα Σφακιανά τραγούδια. Η αρχαία νεκρόπολη είναι στη θέση 'Ξενοτάφι'. Λιμάνι της Αραδήν ήταν ο Φοίνιξ. Πιστεύεται πώς ιδρύθηκε από Φοίνικες αποίκους και το όνομά της συνδέεται με τη φοινική λέξη Aruad, που σημαίνει καταφύγιο και ομώνυμη πόλη υπήρχε στη Φοινίκη. Η Αράδαινα μέχρι τους τελευταίους αιώνες της Βενετοκρατίας και τον πρώτο της Τουρκοκρατίας ευημερούσε, γιατί οι κάτοικοί της είχαν επιδοθεί στη ναυτιλία και το εμπόριο

Μικρή και ορεινή αρχαία πόλη, κτισμένη μέσα στο φαράγγι της Σαμαριάς, κοντά στις πηγές του ποταμού, στη θέση 'Ελληνικά'. Αναπτύχθηκε κατά την αρχαιότητα και σύμφωνα με την παράδοση εδώ γεννήθηκε η θεά Βριτομάρτυς, από το 'βριτύ' που σημαίνει 'γλυκό και το 'μάρτις΄ που σημαίνει κορίτσι-παρθένος, η επονομαζόμενη Δικτύνη και κόρη του Δία. Άγαλμά της φυλάσσεται στο μουσείο Χανίων. Το 1991 εντοπίστηκε υπαίθριο ιερό με πηγή, πολύ κοντά στο εκκλησάκι του Αγίου Νικολάου. Ακόμα, βρέθηκαν χάλκινα και σιδερένια βέλη και αιχμές δοράτων. Πρόκειται για το Μαντείο του Απόλλωνα ή το Κηρύκειον Άντρον. Στο ίδιο περιβάλλον έζησε και λατρευόταν η νύμφη Ακακαλίς.

Η αρχαία πόλη εικάζεται ότι βρισκόταν στο λεκανοπέδιο της Κράπης ή στην παρακείμενη θέση 'Βατέ', στο δρόμο Βρυσών – Σφακίων. Πήρε το όνομά της από τον Κατρέα, πρωτότοκο γιο του Μίνωα. Σύμφωνα με τον Όμηρο, εδώ βρισκόταν ο εγγονός του Μενέλαος, όταν ο Πάρης απείγαγε την ωραία Ελένη, αιτία του τρωικού πολέμου.

Η πόλη βρισκόταν δυτικά του χωριού Πατσιανός, στη θέση που βρίσκεται το εκκλησάκι του Αγ. Θεοδώρου του Τήρωνος. Ονομάστηκε έτσι, λόγω της έλλειψης νερού. Δεν σώζονται ερείπια.

Βρισκόταν βόρεια και ανατολικά του φρουρίου Φραγκοκάστελλου. Υπήρχε ναός της θεάς Νικήτα, στα ερείπια του οποίου κτίστηκε αργότερα τον 6ο αιώνα η βασιλική του Αγ. Νικήτα και τον 13ο αιώνα ο μικρός βυζαντινός ναός που υπάρχει εκεί σήμερα. Στον περίβολο του ναού σώζεται υπέροχο ψηφιδωτό, το οποίο για λόγους προστασίας, έχει καλυφθεί από χαλίκι. Αρχαιολογικές έρευνες των τελευταίων τριάντα ετών, έφεραν στο φως κεραμικά ευρήματα από τη μεσομινωική (1800-1600π.χ.) και ιστερομινωική (1600-1450π.χ.) περίοδο, τα οποία πιστοποιούν μόνιμη εγκατάσταση και παρουσία στη μικρή πεδιάδα. Πυκνότερα είναι τα ευρήματα από την υστερομινωική περίοδο και εξής, τα οποία καταδεικνύουν μια γενική ακμή. Εντοπίσθηκαν υπολείμματα δύο  ρωμαϊκών οικισμών, ενώ βορειοδυτικά του κάστρου έχει διαπιστωθεί η ύπαρξη ενός ακόμη. Στο σημείο αυτό και με επίκεντρο την παλαιοχριστιανική βασιλική του Αστράτηγου (Αρχαγγέλου Μιχαήλ), του οποίου ερείπια βρίσκονται βόρεια του φρουρίου, φαίνεται πως εξακολουθούσε να υπάρχει οργανωμένος οικισμός κατά τον 6ο-7ο μ.χ. αιώνα, όπως φαίνεται από υπολείμματα τοιχοποιίας και λιθοσωρούς.

Οι βασιλικές και ο οικισμός καταστράφηκαν από σεισμό. Κατόπιν η περιοχή εγκαταλείπεται, πιθανόν λόγω των αραβικών επιδρομών. Οικιστική δραστηριότητα έχουμε και πάλι από τον 13ο αιώνα κατά την πρώιμη βενετοκρατία, όπου παρατηρείται ανέγερση ναών στις θέσεις των παλαιοχριστιανικών βασιλικών που προϋπήρχαν, ενώ βόρεια της πεδιάδας εμφανίζονται τα τρία χωριά, Σκαλωτή, Καψοδάσος και Πατσιανός. Στη θέση που βρίσκεται σήμερα ο ναός του Αγ. Νικήτα, γίνονταν από την αρχαιότητα οι Παγκρήτιοι αγώνες, προς τιμήν της θεάς Νικήτα και οι οποίοι είχαν μεγάλη απήχηση και θεωρούνται οι προπάτορες των Ολυμπιακών αγώνων. Οι αγώνες συνεχίζονται σε όλη την ιστορική περίοδο και μέχρι σήμερα. Στις 15 Σεπτεμβρίου κάθε έτους όπου και πανηγυρίζει ο Αγ. Νικήτας, παίρνουν σάρκα και οστά εκ νέου. Οι αγώνες γίνονται στο νέο γήπεδο των Σφακίων, που βρίσκεται απέναντι από το ναό, με αγωνίσματα ταχύτητας, μήκους, σφαιροβολίας, δισκοβολίας, σκοποβολής, καθώς και ιππασίας

Η αρχαία πόλη Φοίνιξ βρισκόταν σε όρμο στα δυτικά του σημερινού Λουτρού Σφακίων. Υπήρξε λιμάνι της Ανωπόλης και της Αραδήνας με ανάπτυξη στους ρωμαϊκούς χρόνους. Το λιμάνι προσέφερε μεγάλη προστασία λόγω της θέσεώς του, ακόμα και από ισχυρή κακοκαιρία. Σήμερα διακρίνονται τα λείψανα κατοίκησης. Στη θέση του ναού της Θεοτόκου, υπήρχε μεγάλη τρίκλιτη παλαιοχριστιανική βασιλική, όπου διασώζονται οι τοίχοι σε ύψος 3 μ.  Χαρακτηρίζεται από ευρύχωρο πρόσκτισμα νότια του νάρθηκα, μάλλον βαπτιστήριο. Υπήρξε έδρα αρχιεπισκοπής, μέχρι την πρώιμη βενετοκρατία. Εδώ λατρευόταν ο Κρηταγενής Δίας και ο Απόλλων του μαντείου των Δελφών. Δυτικά του χωριού υπάρχουν ερείπια του ναού του Απόλλωνα καθώς και του τούρκικου κάστρου. Δίπλα στον ναό της  Αγ. Αικατερίνης που βρίσκεται στην είσοδο του χωριού στέκει ακόμα ο τούρκικος κουλές, ο οποίος χτίστηκε το 1866 και έχει κυκλικό σχήμα και μεγάλο ύψος. Επίσης σώζονται τμήματα των αρχαίων λουτήρων, από όπου πήρε το όνομα του το σημερινό χωριό Λουτρό

Ανήκει στην περίοδο της αρχαϊκής,  κλασικής και ελληνιστικής περιόδου και βρίσκεται στο ακρωτήριο Τρυπητή, μεταξύ Σούγιας και Αγ. Ρουμέλης. Η Ποικίλασσος δεν ήταν αυτόνομη πόλη αλλά υπαγόταν στην Έλυρο. Στην πόλη ανακαλύφθηκαν επιγραφές που μαρτυρούν την ύπαρξη ναού αφιερωμένου στον Σέραπις, χθόνιου ελληνοαιγιπτιακού θεού. Ανακαλύφθηκαν επίσης λαξευμένοι τάφοι στα βράχια. Ο Πτολεμαίος ονομάζει την πόλη Ποικιλάσσιον. Τον 3ο αιώνα π.χ. αποτέλεσε μέλος του 'Κοινού των Ορείων', μιας ομοσπονδίας ορεινών πόλεων όπου τα μέλη της απολάμβαναν ανεξαρτησία, αλλά είχαν κοινή εσωτερική και εξωτερική πολιτική. Η ομοσπονδία αυτή αποτελούνταν από τις πόλεις Λισσό, Συία, Ποικίλασσο, Τάρρα, Υρτακίνα και Έλυρο

Η πόλη βρισκόταν κοντά στην έξοδο του φαραγγιού της Σαμαριάς στην ανατολική πλευρά του ποταμού. Η πόλη ιδρύθηκε τους κλασσικούς χρόνους, ήταν μικρή αλλά ανεξάρτητη και έκοβε δικά της νομίσματα, που στην μία πλευρά απεικόνιζαν το κεφάλι ενός αίγαγρου (κρι-κρι) και ένα βέλος και στην άλλη μία μέλισσα. Ήταν μεγάλο θρησκευτικό κέντρο των Δωριέων, με ναούς της θεάς Βριτομάρτυδος, η οποία ήταν προστάτιδα των κοπαδιών, του Απόλλωνα και της Αρτέμιδος, με κυριότερη λατρεία του Ταρραίου Απόλλωνα. Η πόλη ήταν γνωστή για το μαντείο της και είχε εγκαθιδρύσει αποικίες στη νότια Ιταλία και στον Καύκασο. Ο Απόλλωνας έφυγε από εδώ με τα δελφίνια του, τους δελφούς και πήγε στη στερεά Ελλάδα όπου και ίδρυσε το μαντείο των Δελφών.

Άκμασε κατά την Ελληνιστική, αλλά κυρίως την Ρωμαϊκή περίοδο. Οι Ρωμαίοι όταν βρήκαν το ναό της Βριτομάρτιδας, προστάτιδας των κοπαδιών, τον αφιέρωσαν στην αντίστοιχη δική τους θεά, την Ρουμιλία. Όταν επικράτησε ο χριστιανισμός, ονομάστηκε Αγία Ρουμιλία και αργότερα Αγία Ρουμέλη, όπου και κατά μία εκδοχή προέρχεται το όνομα της περιοχής. Κατά την διάρκεια της αρχαιότητας και αργότερα της ενετικής κυριαρχίας, η Τάρρα αποτέλεσε σημαντικό ναυπηγείο. Η θέση της ήταν ιδανική για μια τέτοια λειτουργία και αυτό για δύο λόγους, αφενώς γιατί υπήρχε μεγάλη ποσότητα ακατέργαστου ξύλου  κοντά στην ακτή και αφετέρου  γιατί το ποτάμι απετέλεσε μεγάλη ενεργειακή πηγή για τα πριονιστήρια που υπήρχαν εδώ. Τέσσερις χιλιάδες χρόνια πριν, η Τάρρα ήταν  μεγάλος εξαγωγέας ξυλείας. Επίσης στην πόλη υπήρχαν εργαστήρια υαλουργίας.

Από εδώ καταγόταν ο Λούκιλλος που άκμασε τον 2ο π.Χ. αιώνα, και έγραψε σχόλια στα Αργοναυτικά του Ροδίου Απολλωνίου, καθώς και ο κιθαρωδός Χρυσόθεμις, γιος του Καρμάνορος, που νίκησε στα Πύθια. Το 183 π.χ. εμφανίζεται να είναι μία από τις πόλεις που υπέγραψαν την συμμαχία των 30 κρητικών πόλεων με τον Ευμένη Β' της Περγάμου. Η πόλη καταστράφηκε το 66π.Χ. από σεισμό. Η ακτή της Τάρρας, μέχρι το 365 μ.Χ. περίπου, δεν είχε τίποτα κοινό με τη σημερινή παραλία, καθώς τότε η ξηρά ανυψώθηκε απότομα κατά 4 μ. περίπου σε όλο το μήκος της ακτής των Σφακίων.

Κοντά στο παλαιό χωριό της Αγ. Ρουμέλης, σώζονται τα ερείπια του αρχαίου ναού του Απόλλωνα, πάνω στον οποίο είχε ιδρυθεί παλαιοχριστιανική βασιλική εκκλησία (διασώζονται ακόμα οι τοίχοι ύψους 3μ. και υπέροχα ψηφιδωτά δάπεδα), που μετατράπηκε αργότερα στο μικρό ναό της Παναγίας περί το 1500.